有很多人持这样的观点：MBR就是要在高污泥浓度条件下运行，否则用MBR就没有优势。MBR系统确实能够在很高的污泥浓度下运行，但是其代价是高能耗和高维护工作量。由于MBR特有的对细菌和SS的截留特性，在相同的出水要求条件下它自身所需要的污泥浓度就比其他生化形式更低。例如SBR工艺，由于它的分离性能远低于MBR，因此需要很好的污泥絮凝能力和足够的菌胶团数量才能维持稳定的优质出水水质，A2／0工艺也是如此。为了得到更好的产水指标，很多用户不得不通过提高混合液的污泥浓度，以牺牲更高能耗和药耗的代价来实现这些目的。实际运行经验证明，MBR系统维持在污泥浓度4000～6000mg／L的水平时，可以稳定得到SBR工艺系统和A2／O工艺系统污泥浓度通常需要6000～8000mg／L才能达到的出水水质。
MBR在它诞生的时候，膜价格是现在价格的数倍，当时的系统又很“娇气”，不依靠某些突出的特性是很难走进市场的。MBR在高污泥浓度条件下运行以降低系统投资成本成了MBR系统进入水处理市场的必要条件和宣传重点。现在MBR技术已今非昔比，应该按照实际的技术经济分析结果来制订合理的技术方案。
根据实际运行的经验，通常情况下对于市政污水处理系统来说，MBR系统合理的混合液活性
污泥运行浓度在夏季可保持在4000mg／L，冬季可保持在6000mg／L，通常就可以保证MBR系统在类
IV类出水标准条件下的稳定达标。
