MBR系统的自控程序是它保持稳定运行的心脏。在程序设计中要充分考虑各种可能状况的出现，并在编程中妥善解决。除考虑上述重要的连锁外，还应注意以下几点：
各个膜池在系统启动和停电后恢复时，考虑到电气与仪表用气的负荷，要避免各个操作系统一齐启动，要保持一定的时间间隔顺序启动。
由于MBR系统的阀门口径较大，开关程序和控制程序都要考虑延迟时间。
膜池进水阀、清洗进水阀与排空阀要有互锁或时间保护，以防止出现排空阀故障或误动作时造成系统溢流。
膜池出现过高水位时要有生化池停止进水的连锁，如果设计的膜池液位比生化池液位低很多或生化池池顶高于膜池池顶时，要有生化池出水关断措施，以防膜系统出现停电或自控故障时膜池溢流。
膜池要能控制液位以防止膜丝露出液面受损。当液位降至膜架顶部时，应立即停止产水，液位恢复至安全液位时再启动。
当生化池存在两个以上系统并联运行时，自控系统要有各个生化系统的液位调控功能，因为当各个生化池液位差超过2～3cm时，便会造成生化池曝气强度、污泥浓度和生化效果的显著差别，直接影响膜系统运行。
污泥脱水系统必须要有足够的脱水能力和备用容量，一旦污泥脱水系统能力下降，生化池污泥浓度控制无法保障，直接影响膜系统的运行。脱水系统设计能力不足，常常造成MBR膜系统因污泥浓度过高而发生污堵，这种问题在很多项目中屡屡出现，已经成为非常突出的问题之一。
处于北方室外的MBR膜池应考虑加滑动盖保温，这样冬季就可以进行清洗和维护。
当膜池清洗过程中出现药剂投加故障等问题使程序无法继续时，应设置自动跳过和处置程序，避免程序停在某一动作上成为死循环。
膜池的维护性化学清洗应在程序中设定时间间隔，将各个膜池的化学清洗时间分散开，避免时间过于集中地对各个膜池进行连续清洗。这样就不会影响系统的水量平衡，也可避免清洗药剂对生化系统的影响。化学清洗时间宜放在进水量最少的凌晨时间段进行。
