膜堵塞是绝对的，一般超滤系统应建立清洗再生技术。清洗膜的方法可分为物理方法和化学方法。
a、 中空纤维超滤膜物理清洗：该方法利用机械力去除膜表面污染物。整个清洗过程中没有化学反应。
① 水-空气混合清洗法：净化后的压缩空气和水流一起进入超滤膜，水-空气混合液在膜表面剧烈搅拌，去除相对固体的杂质。效果不错，但要注意压缩空气的压力和流量；
② 负压反冲洗法：是一种从膜的负侧到正侧的冲洗方法。适用于内外层致密的中空纤维或毛细管超滤膜。
b、 中空纤维超滤的化学清洗方法：通过在膜表面使用某种化学和有害物质进行化学或溶解，可以达到清洗的目的。
① 酸洗方法：常用酸有盐酸、草酸、柠檬酸等；② 碱洗法：常用碱主要有氢氧化钠、氢氧化钾和碳酸钠；③ 氧化清洗剂：用1～3%的h2o2500～1000mg/lnaclo等水溶液清洗超滤膜，既能去除污垢，又能杀灭细菌；④ 酶洗涤剂洗涤：酶洗涤，如0.5%~1.5%胃蛋白酶、胰蛋白酶。
