各个污水厂的进水水质不同，优势菌种也不同，因此，各厂的污混度、沉降比、颜色和黏度也不同。要根据各厂的实际情况来确定最佳的运行污泥浓度。可以先将污泥浓度控制在4000mg／L，然后再根据出水与各个工艺监测数据的分析，逐渐调整系统的最佳污泥浓度。
膜通量在新膜刚刚下水使用的半个月至一个月时间内会明显下降，这是完全正常的。可以采用的长期稳定运行的膜通量应该在新膜正常使用约一个月后作为测量基准。在膜刚刚经过酸洗或化学清洗后检测的膜通量数据也是不准确的，因为膜表面刚刚经过化学清洗，通量数值会明显偏高。只有在化学清洗完成后让系统正常工作一段时间（例如24h），这时测得的通量数据才是比较真实的。
在MBR的进水渠和回流渠中，由于污泥反硝化和水流分布的影响，会在局部出现浮在水面的污泥壳，有时甚至会发展得很快，布满整个渠面。这时只需装1～2支直径8～10mm的带调节阀门的不锈钢气管，延伸到距离液面10cm左右，再在不锈钢气管端头套上300mm长且有一定硬度的胶管伸入水下，用不锈钢管卡固定好，通入少量压缩空气，使胶管在水面附近慢慢摆动曝气，泥壳便会不断地汇流到曝气点附近逐渐破碎，维持这个曝气吹扫形式可使整个渠面不再严重结壳。
膜池在次氯酸钠化学清洗时会产生大量泡沫，处理不好它会散布到膜池顶面，淹没走道。既不雅观，也会对操作人员巡视维护造成风险。可以通过降低次氯酸钠加药浓度和在化学清洗时采用间歇曝气的方式把泡沫有效地控制在池内，也可以通过在膜池中增加间歇喷淋装置的方式解决。
在各地的MBR系统运行中，曾发现在系统遇到水质冲击后，硝化菌受到严重抑制，出水氨氮浓度不断增加，硝酸盐和亚硝酸盐浓度不断下降的情况。在增加营养物、调节生化段运行条件等手段都失灵的情况下，可取将生化系统中部分污泥排出，从外厂调人部分新鲜污泥的方式解决，
一般在两三天内便可恢复硝化和反硝化的正常运行。
在进水COD较低，进水总磷浓度较高的情况下，厌氧区释磷可能受阻，应考虑在厌氧段进水侧投加易降解的碳源辅助释磷过程。
要注意避免膜池进水渠出现积泥厌氧的情况。有过这样的案例，MBR产水中的总磷浓度在0.3～0.5mg／L徘徊，运行人员将除磷药剂投加量不断提高，甚至增加到80mg／L，出水总磷浓度仍然在此徘徊。后发现为去除总氮，在好氧末端形成缺氧区，但由于在进入膜池前局部形成厌氧释磷，造成化学除磷无法及时反应掉释磷的产物。经过及时调整溶解氧值（从0.2mg／L以下提高到0.5mg／L），并采取了消除膜池进水渠积泥的措施，出水总磷浓度迅速下降并趋稳定，化学除磷药剂投加量也恢复到20～30mg／L的水平。
当发现MBR系统出水的清水池中水质出现浑浊时，首先要关注膜产水总管的浊度指标和浊度记录，如果浊度一直保持在0.06～0.09NTU的状态，一般不是膜系统泄漏出现的问题，要查看化学除磷加药量是否过大。当化学除磷药剂投加量超过30mg／L后，未来得及反应的铁离子和铝离子就有可能会在清水池中进一步氧化形成絮状微粒而影响水的清澈度。另外，当发现清水池进水端偶尔出现一股一股的浑浊水像云状逐渐扩散开时，往往是由于铁离子和铝离子在流速较慢的产水总管中局部沉积，当发生水流流量变化时将沉积物带出的结果。
在MBR系统的正常运行中膜的通量通常是不会有明显下降的，在市政污水处理领域中，由于各地环境对水温的影响，在我国北方从冬季到夏季膜通量应有少量增加，夏季到冬季则略有下降，一年中膜的比通量下降3％～5％可以算正常（每隔一两年可以通过将产水泵的频率提升3％～5％来维持膜的通量），但是膜通量下降的数值超过这个范围就应在系统运行中找问题了。造成膜通量下降主要有以下几个原因：膜吹扫气不均匀和局部污泥浓度过高引起膜污堵和膜丝污泥板结；除磷药剂投加过多造成铁铝氢氧化物在膜丝表面附着；钙镁在膜丝上结垢；清洗周期过长导致附着在膜丝上的污染物难以清洗干净；膜污堵或膜通量设计过高导致膜系统真空抽吸强度过高，引起膜孔中的污堵物质难以清除等。也常会发生因产水管路密封处漏气引起产水管管阻增高，造成膜通量下降的假象。
一些MBR系统在运行中，回流渠液位漫过了回流溢流堰口，几乎与膜池中的工作液位持平。当一个膜池要清洗时，回流渠会由于液位超过溢流堰口高度而发生混合液倒灌现象。如果溢流堰口是可以完全关闭的自动闸门，膜池清洗时可将闸门完全关闭。但对于固定堰口或手动闸门堰口来说，膜池清洗时的倒流现象会严重影响膜清洗的效果，从而影响整个膜系统的通量和产水效率。这种现象的发生大多是由于膜池产水量与生化池进水量不平衡，而且产水泵流量偏低导致生化池液位上升，它使各级堰口起不到调节作用，导致推流器推不出设计要求的液位差。在发生这种情况时，只要将进水流量降低或调节加大产水泵流量，排出这部分壅水水量，系统就可以恢复平衡。
