膜架的设计必须尽量减少无效空间。一些设计师习惯于一个相对较大的安全系数，膜架制作得又宽又大。事实上，在实践中发现，在确保膜组件在膜架范围内安装和运行、膜丝得到有效吹扫且膜丝不与其他部件摩擦的前提下，膜架各部分的结构设计应尽量消除无效空间。例如，设计了膜架吹扫支管到膜柜底部的高度。该高度通常考虑到膜柜的尾管高度、膜柜进水分配通道的需求以及膜柜排空时的池底坡度。然而，当高度超过250mm时，必须考虑水流死角处的污泥沉积和污泥淤积对膜组件膜污染的影响。在一些膜柜的设计中，膜架吹扫支管以下的高度达到0.5~1m。如果考虑罐底曝气，由于不能代替膜的吹扫气，会造成不必要的能耗浪费；如果不考虑增加底部曝气，膜池底部污泥沉积造成的膜污染和厌氧造成的出水水质将超标。
膜组件和集气配水管道周围的布局也应尽可能避免无效空间，这将影响气体和水的分布，形成不必要的局部沉积，并增加膜架某些部位厌氧污泥沉积的风险。